西元2199年,來(lái)自太陽係外的(de)敵人加米(mǐ)拉(lā)斯帝國,為了挽救母星的危亡(wáng),開(kāi)始(shǐ)侵略其(qí)他星球(qiú)。地球軍在與加米拉斯帝國軍的交戰(zhàn)中慘敗,同時加米拉斯帝國軍向地球發射大量含有放射能的遊星炸彈。地球(qiú)的抵抗力量越來越弱。本與加(jiā)米拉(lā)斯為雙子星球(qiú)的伊斯坎達爾星球仗義相助,向地球發送了波動引擎和波動炮的設計圖紙,並(bìng)告知(zhī)地(dì)球軍本星球擁有清(qīng)除(chú)放射能的設備(bèi)“宇宙清洗器D”。在與歐(ōu)洲、美洲失(shī)去聯係的情況(kuàng)下,地球防衛軍利用伊斯坎(kǎn)達爾星球提供的技術將沉睡(shuì)於海底的大和號改造為(wéi)宇宙戰艦。大和號全體乘員踏上(shàng)了取回“宇宙清洗器D”的(de)漫漫征(zhēng)程。