西元(yuán)2199年,來自太陽係外的敵人加米拉斯帝國,為了挽救母星的危亡,開始侵略其他星球(qiú)。地球軍在與(yǔ)加米拉斯帝國軍的交戰中慘敗(bài),同時加米拉斯帝國軍(jun1)向地球發射大量含有放射能的遊星炸(zhà)彈。地球的抵(dǐ)抗力量越來越弱(ruò)。本與加米拉斯(sī)為雙子星球的(de)伊斯坎達爾星球仗義相助,向地球發送了波動引擎(qíng)和(hé)波動(dòng)炮的設(shè)計(jì)圖紙,並告知地球軍本星球擁有(yǒu)清除放射能的設備“宇宙清洗器D”。在與歐洲、美洲失去聯係的情況下,地(dì)球(qiú)防衛(wèi)軍利用伊斯坎達爾星(xīng)球提供的(de)技術將(jiāng)沉睡於海(hǎi)底的(de)大和號改造為宇宙戰艦。大(dà)和(hé)號全(quán)體乘(chéng)員踏上了取(qǔ)回“宇宙清洗器(qì)D”的漫漫征程。